西域九层妖楼惊现数具尸体，古老的传说、诡异的诅咒、恐怖的尸变、骇人的血案。一股神秘力量不断支配着这个恐怖禁地。究竟是冤魂索命还是恶蛊作祟，众人几经生死，能否还世间一个真相......

垂拱四年，狄仁杰任江南巡抚使，在一次前往下辖的临安县视察过程中，遇到了一起乱案。老汉孟云德状告其姑爷李大有杀害自己的女儿孟香莲和儿子孟杨，而李大有则反告自己的岳父将孟香莲藏起来意欲再嫁他人。原来孟香莲

影片讲述了一个离奇的“弑夫”案，大婚当日，新娘婚房内连杀四人后大喊着“不是我”冲出房间，接着举刀剖腹自尽。作案过程都被宾客们看在眼里，但他们却不约而同地将矛头指向了一个身形柔弱的少女，直指她才是幕后真

狄仁杰在前往大理寺报道任职之际，浦江境内发生杀人夺金案，现场疑点重重，不仅发现 血藤、秦川粉蝶、树妖的痕迹，还有不止一股势力出现的迹象。到现场勘查的狄仁杰遭到 护花女沈珺瑶的纠缠，与正在调查树妖杀人和

武周年间，洛阳当红舞妓含冤被斩，化厉鬼索命连环杀人。流放在外的第一神探狄仁杰被武后特赦并委任为钦差调查此案，不料在返城途中遭人刺杀坠崖失忆，被来洛阳寻妻却无法入城的落魄商贾吕昭元所救。二人阴差阳错身份

长安城发生离奇杀人事件，狄仁杰为查找真相，一路跟随踪迹与凶手周旋，甚至被奸人陷害入狱，最终狄仁杰通过缜密的分析抓到了真正的凶手，长安城恢复了往日的宁静。

垂拱元年，武则天携百官夜巡大运河，洛阳万人空巷，奔赴龙门，只为争睹圣容，没想到却在运河之中，遭遇龙形异兽冲撞龙船，洛阳百姓议论纷纷，认为是不祥之兆，武则天大怒，急召狄仁杰回宫彻查运河龙王一案，整个洛阳

狐妖夜出谣言四起，百万银饷离奇失踪，押饷士兵无一生还。大理寺卿率人奔赴查案，却遭埋伏身亡，尸体形状诡异。天后震怒，狄仁杰为还将士真实情况而破悬案，历经生死踏上了破解狐妖阴谋的冒险之路。背后的阴谋是权臣

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《神探狄仁杰3》分为《凉州案-黑衣社》和《邗沟案-漕渠魅影》两个惊险绝伦、触目惊心的故事组成。故事承接第二部，狄仁杰（梁冠华饰）自连破幽州、并州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇（吕中饰