天侑六年，志宗崩逝，其次女公主楚九龄（彭小苒 饰）质疑其叔父弑君篡位。经历家破人亡等一系列突如其来的变故，九龄下定决心查清泽州隐秘，揭穿父皇被害真相，守护自己的至亲。九龄在成国公世子朱瓒（金瀚 饰）的

昆仑之虚，掩于山海之中，滋养了无数生灵。这里的昆仑医馆医术精湛，但却有一种病千百年来无药可医——黑灵。医师白泽致力对抗黑灵，却自以为是毁了整个大岛，被逐出医馆。七年后，白泽的医术突飞猛进却受人白眼无法行医，想借医馆选举一雪前耻，却在阴差阳错之下，与自卑的麒麟男孩羿一起踏上了荒芜的大岛，进行一场救赎之旅。黑灵爆发危机在即，他们能否解开黑灵背后的秘密，拯救万物天地，又是否能点亮昆仑众生心中的那束光？

南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。　　亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识